Universitas Tanjungpura (UNTAN) memiliki Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) yang terstruktur untuk terus meningkatkan mutu pendidikan secara berkelanjutan. Pelaksanaan SPMI didasarkan pada peraturan perundang-undangan yang berlaku, dikoordinasikan oleh Pusat Penjaminan Mutu (PPM) di bawah LPPPM, yang bertugas merumuskan Kebijakan Mutu, Manual Mutu, Standar Mutu, dan Formulir Mutu.
Tujuan utama SPMI adalah mendukung penerapan SPME untuk akreditasi oleh BAN-PT, LAM, atau lembaga internasional, serta memastikan peningkatan mutu akademik dan non-akademik terus berlanjut. Penjaminan mutu didelegasikan ke Pusat Mutu Fakultas (PMF) dan diimplementasikan secara aktif di tingkat program studi oleh Tim Penjaminan Mutu (GPM). Struktur ini bertujuan memperkuat sistem penjaminan mutu di setiap satuan pendidikan.
